Desa Oenoni II dibentuk melalui keputusan Gubernur KDH Swatantra TK.I Nusa Tenggara Timur Nomor: Und.2/1/27 pada tanggal 4 November 1967. Pembentukan ini merupakan bagian dari program pembentukan desa gaya baru di seluruh daerah swatantra tingkat II dalam wilayah daerah swatantra tingkat I Nusa Tenggara Timur, yang kemudian ditindaklanjuti oleh keputusan Bupati KDH TK.II Kupang Nomor: DD.12/II/I tanggal 7 Mei 1969.

Latar Belakang Pembentukan
Program pembentukan desa gaya baru di Kerajaan Amarasi direncanakan oleh Almarhum Bapak Viktor Hendrik Rasyan Koro. Pada tahun 1967, beliau mengadakan rapat dengan para tamukung di wilayah Kerajaan Amarasi, yang terdiri dari tiga kefetoran: Baun, Buraen, dan Oekabiti, dengan total 68 tamukung. Rapat ini menghasilkan keputusan penggabungan tamukung-tamukung bertetangga menjadi 23 desa gaya baru, termasuk Desa Oenoni, yang berada di nomor urut 20 di wilayah kefetoran Oekabiti.

Pembentukan dan Penggabungan
Desa Oenoni dibentuk dari penggabungan tamukung Binoni dan tamukung Oebifai, dengan jumlah penduduk sekitar 1000 orang. Almarhum Bapak Welem Chornelis Oematan, melalui perjuangan Almarhum Bapak Viktor Hendrik Rasyan Koro dan perangkat pimpinan dinas di tingkat Kerajaan Amarasi, berhasil menyelesaikan program pembentukan desa-desa gaya baru dalam satu tahun.

Pemilihan Kepala Desa
Pemilihan kepala desa pertama di wilayah Amarasi dilaksanakan serentak pada tahun 1968. Untuk Desa Oenoni, Almarhum Bapak Felipus Ataupah terpilih sebagai kepala desa, dengan Bapak Nikanor Nenosaban sebagai wakil dan Bapak Volkes Finit sebagai sekretaris desa. Namun, karena kondisi yang menghambat, Bapak Nikanor Nenosaban kemudian menjabat sebagai penjabat sementara kepala desa.

Periode Pemerintahan Desa
1968-1972: Kepala Desa Bapak Felipus Ataupah, digantikan oleh Bapak Nikanor Nenosaban.
Periode II: Kepala Desa Bapak Mateos Fredik Ataupah dan Wakil Kepala Desa Bapak Nikanor Nenosaban, Sekretaris Desa Bapak Abia Reinnati.
1978-1983: Kepala Desa Bapak Steven Sabuin.
1983-1988: Kepala Desa Bapak Sem Reinnamah.
2003-2006: Desa Oenoni dipecah menjadi Desa Oenoni I dan Oenoni II, dengan Bapak Fransiskus Ataupah sebagai Kepala Desa Oenoni II persiapan.
2006-2011: Kepala Desa Definitif Bapak Maxen Liu.
2012-2013: Penjabat Kepala Desa Bapak Jorge De Araojo.
2013-2019: Kepala Desa Definitif Bapak Yohanis A. Ataupah.
2019-2021: Penjabat Kepala Desa Bapak Wilhelmus Wikel.
2021-2022: Penjabat Kepala Desa Bapak Benedectus Reinnamah.
2022-2028: Kepala Desa Definitif Bapak Djalinus Bureran.
Pembentukan Badan Permusyawaratan Desa (BPD)
BPD dibentuk sebagai perwujudan demokrasi dalam penyelenggaraan pemerintahan desa, dengan fungsi menetapkan peraturan desa bersama kepala desa dan menampung serta menyalurkan aspirasi masyarakat.

Keanggotaan BPD:
2006-2011: Ketua Bapak Mikael Finit.
2013-2018: Ketua Bapak Timothius Tefbana.
2018-2024: Ketua Bapak Nerman Nubatonis.
Desa Oenoni II terus berkembang dengan berbagai program pembangunan dan kepemimpinan yang silih berganti, memperkokoh struktur pemerintahan desa dan meningkatkan kesejahteraan masyarakatnya.